方法一般在浸种前10-15天内晒种，晒种时要避开中午烈日，以免种子爆腰和烫伤种子。晒种时间3-4小时，一定要做到种子冷透后浸种。
室内浸种水温变化小，稻谷吸水、吸药一致。这样种子发芽的整齐度也相对较高。
水稻恶苗病已成为水稻生产的重要病害，但到目前为止还没有抗恶苗病的品种和良好的治疗药剂，唯一有效的方法是种子药剂处理。我市推广的“浸种灵”农药拥有非常良好的预防效果。晚稻浸种时处于相对高温，考虑到农药的蒸发和包装物的消耗，应适当增加用药量(具体用药方法和药量咨询当地农技部门或农药供应点)。
单季晚稻由于浸种时气温较低、吸水相对较慢的品种，如秀水09、加花1号、宁88、秀优5号种子应浸三天三夜；甬粳18、甬优1号、糯稻品种甬优5号、祥湖13吸水较快可适当缩短浸种时间。连作晚稻浸种时气温高、吸水快，一般浸足二天二夜(因浸种时间不足48小时对药剂预防恶苗病的效果有影响)。水分是否吸足，可通过对浸种稻谷的观察：如谷内米粒透明、胚已突起，表明水分己吸足，否则还要延长浸种时间。
此时的日平均温度已在20度以上，一般在室内自然催芽即可，方法：(1)种子沥起后，不能用透气性差的蛇皮袋催芽。少量种子可用箩筐等工具催芽，种子量大的可直接摊在室内地上催芽，为了有利于沥水，可在下面铺些篾簟等物；种子厚度应掌握在12公分左右，上面盖湿布或湿麻袋保湿(农户在种子催芽时一定要保温露白的，应勤检查，露白后种堆应迅速摊开，防止吃热)。(2)露白前种堆一般不能淋水，此时种子已经吸足了水分，如发现表层稻谷发白，只要上、下翻动即可，如果此时淋水轻者导致种子有芽无根，重者发粘、发臭，导致催芽失败。如果种子浸种时吸水不足的，如表现谷壳干燥、发白的可淋适量水，但谷堆一定要摊薄，约5公分左右，以防止谷堆缺气而发滑、发粘。种子露白后应逐步摊薄，并根据种堆湿度淋水催芽。待根似谷长、芽似半粒谷长时即可播种。
连作晚稻特别是连晚抛秧和机插种子的催芽，其催芽的时间在6月底至7月上旬，此时的日平均温度已达到28℃左右，最高温度在 35℃左右，这时催芽不但不能保温，而且要摊薄散热、降温，即在与单季稻同样方法催芽的前提下种子堆的厚度在5厘米左右，并注意给覆盖物补水保湿。
对于在催芽过程中种堆已出现发滑、发粘的补救办法：先用清水飘洗，飘洗后由于种堆湿度过大，为防止缺气和再次发粘，种堆应摊薄至3公分左右，保湿用的覆盖物推迟覆盖。
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